BIOCHIP

Ba con nao biet trang web tieng Viet nao noi ve microarray (biochip) thi cho minh xin nhe, thank u so much
doanthekhang86vl@yahoo.com

Bạn muốn tìm hiểu về khía cạnh nào của microarray ? Muốn đọc để lấy kiến thức chung thôi hay làm tiểu luận, luận văn tốt nghiệp ... ? Vấn đề này tương đối mới, mình nghĩ không có site tiếng việt nào đâu.
Bạn đọc được tiếng Anh hay tiếng Pháp ?

hix, minh chi lam Simina trong lop thoi, nen chi can kien thuc tong quan, ban cho minh xin trang web tieng Anh nhe

1 câu hỏi ngốc xít: cho mình biết BIOCHIP la` cái gì thế?

Oh la la, tiếng anh thì bạn cứ search keyword tren google là nó ra một đống liền mà . Xin lỗi vì dạo này bận quá nên không online thường xuyên.
Về cơ bản DNA-arráy có ba dạng chính, phân biệt bởi support hay màng sử dụng :
Macroarays (spotted macroarrays) : màng nylon 100 - 200 cm2, 200 - 5000 PCR targets, thường dùng radioactive markers (alpha XTP33), 1 con***ion = 1 membrane
Microarrays (spotted microarrays), sử dụng trên lam kính thuỷ tinh vài cm2
DNA microarrays : PCR produits
oligo-microarrays (10-100 bases, thường sử dụng là 40 bases), mật độ các spot tren màng la 5000spots/cm2. Marker: fluorescent Cy3 cho một con***ion và Cy5 cho một con***ion, thông thường người ta sử dụng một lam kính cho cả hai con***ion(competitive hybridation)
Oligochips(genechips hay biopuces, Afymetrix, Nimblegen), sử dụng trên lam kính khoảng 1cm2, trên các lam kính này người ta tổng hợp in situ các oligonucleotide 25-60 bases (bằng phương pháp ink jet printing hoặc photolithography), thường là 65000 different oligonu/cm2(có thể tổng hợp đến 1triệu đoạn oligonucleotides/1cm2 !), 1con***ion = 1 chip
Theo mình nghĩ, nếu chỉ là một semina nhỏ, bạn có thể trình bày theo dàn ý này :
- Khái niệm chung và các dạng DNA arrays
-Ứng dụng hiện nay trong nghiên cứu, được tạp chí Science bình chọn là top 10 of advanced biotechnology (1998). Technique này sử dụng trong transcriptom study, phát hiện các ARN mới, sử dụng trong genetic polymorphism, trong structural annotation of genom (exon/intron, beginning/end of eucaryote genes, indentification of deficit mutants in certain con***ions, identification of replication fork ...
-Nguyên lý của microarrays, làm sao để thu được các target genes, cách design các arrays
-Nguyên tắc hybridation và detection
-Đưa ví dụ mẫu một số kết quả
-Cách phân tích kết quả, người ta gọi là normalisation of numeric data, một trong các phương pháp là phương pháp statistic (Anova, Sam, tpWY, PaGE ...)
-Validation of result : đây là global approach nên error cũng khá nhiều, phải tính đến các điều kiện thí nghiệm, các technique sử dụng và mức độ phù hợp với các mô hình sinh học. Hiện nay có cả procedure chuẩn MIAME(minimum information about a microarray experiment toward standards for microarray data)
Tạm vậy đã, hi vọng có đủ keyword cho bạn nghiên cứu. Nếu cần mình có thể trả lời cụ thể hơn, gửi vào hộp thư bach_thu_thuy@yahoo.com

Cam on bach thu thuy rat nhiu!!! neu thuyet trinh diem cao, se ru ban di uong cafe nhe

chào thu thuỷ? bạn có thể trình bày chi tiết về cách nhận biết sư lai hoá của dna chip được không? theo bạn thì 2 chuỗi dna đơn bắt cặp với nhau thì có sinh ra những tín hiệu gì? (tức là nó sẽ làm biến đổi tín hiệu gì trong dung dịch không? hoặc có sinh ra chất nào không? )vì theo t ôi được biết, ngoài phương pháp đánh dấu (phương pháp quang) thì chưa thấy có cách nào giải thích hợp lý cho các DNA chip phát hiện các chuõi DNA?

chào B thu thuy, vậy bạn có thể chỉ ra cho mình biết điểm khác nhau giữa micro array với kĩ thuật walking chromosome ko?
theo mình biết trong kĩ thuật walking chromosome, trước hết người ta phải thiết kế một đoạn probe có trình tự bổ sung với đoạn gene cần khảo sát ,đoạn probe này được đánh dấu phóng xạ, sau đó đoạn probe sẽ trược trên chromosome, đến khi nào đến bắt cặp với đoạn gen khảo sát, kĩ thuật này có thể được dùng trong chẩn đoán...
Micro array có ưu điểm jì hơn đối với kĩ thuật này... .... ....

Cũng không hẳn vậy bạn à, theo mình hiểu thì đây là hai cách khác nhau để design các đoạn probe dùng trong DNA arrays.
Wallking chromosome là từ thường sử dụng cho physical cartography of genome hơn. Nguyên tắc chung là bạn xuất phát từ một điểm = 1 clon bạn biết, tổng hợp và đánh dấu đoạn probe, dùng probe này để screen các clon có một phần trình tự ADN bổ xung với clon của bạn. Trên clon mới này bạn design tiếp một probe mới và lặp lại như cũ. Cứ như vậy bạn walk trên suốt chiều dài chromosome. Walking chromosome được sử dụng để arrange các clon trong ngân hàng dữ liệu của bạn -> giải mã trình tự clon -> đọc trình tự nucleotid trên cả chromosome. Người ta còn sử dụng để arrange các marker nữa.
Đối với DNA arrays, điều kiện quan trọng nhất khi chọn các probe là trình tự nucleotid của các đoạn probe phải non redundant. Có hai loại :
+ Probe là ADN mạch kép (DNA arrays, theo đúng nghĩa): Đoạn probe có chiều dài khoảng 500-1200bp được tạo thành bằng phương pháp PCR. Các đoạn probe này có thể là trình tự của nguyên một ORF một gene hoặc một phần trình tự ORF. Primer cho phản ứng PCR là các đoạn oligonucleotid trình tự bổ xung với trình tự của ORF, ví dụ sequence ở extremity chẳng hạn.
Ưu điểm của PCR probe là hạn chế các trường hợp không lai hoá do một vài sai khác nhỏ trong trình tự nucleotid (light polymorphism). Ngoài ra do tổng hợp probe bằng phản ứng PCR, bạn không cần phải biết hết tất cả nucleotid sequence. Phương pháp này hay sử dụng trong trường hợp bạn làm việc trên các sinh vật mà người ta vẫn chưa giải mã hết trình tự gene.
+ Probe la các đoạn oligonucleotid mạch đơn(25-80 nucleotid) hay còn gọi là oligo-arrays. Các đoạn probe này thường được tổng hợp hoá học. Ư điểm so với PCRprobe là sensitive hơn với mutation -> không có lai hoá trong trường hợp polymorphism, không cần thực hiện PCR (bạn phải biết trình tự nucleotid của các probe, đưa cho các phòng thí nghiệm chuyên môn, họ sẽ tổng hợp probe cho bạn, đỡ mất thời gian và công sức hơn so với PCR probe bạn phải tự làm PCR trogn lab cua mình)
Để design các probe : tilling array design. Theo mình đây là trường hợp bạn gọi là walking chromosome. Có 4 kiểu
1 True whole genome tilling array design
2 Non biased quaisi whole genome tilling design
3 Biase annotation dependent array design
4 Tilling resequencing array design : các đoạn probe trình tự chỉ khác nhau đúng một nucleotid, sắp xếp liên tiếp trên gene.
Bạn có thể tìm được hình minh hoạ cho bốn cách này trên mạng, nếu không lần sau mình sẽ upload lên cho bạn.
Một trong các ứng dụng, Với các probe thế này bạn có thể so sánh để biết điểm bắt đầu, kết thúc sao mã, các đoạn intron, exon do splicing ... => các mRNA trong các con***ion khác nhau. Ngoài ra có thể dụng để tìm và xác định chính xác vị trí gene cần khảo sát trên cả một đoạn AND lớn.

Gửi cuacang79, ngoài phương pháp quang, người ta dùng cả phương pháp đánh dấu phóng xạ trong DNA arrays nữa. Thường sử dụng nhất là a dXTP33. Khi sao mã ngược các mRNA, bạn cho vào hỗn hợp dNTP một phần a dXTP33, như thế các đoạn cDNA sẽ được đánh dấu random
Với đánh dấu quang, thường sử dụng các fluorofore như Cyanine Cy3, Cy5, Alexa fluo ... , chúng được kích hoạt ở một bước sóng và phát tin hiệu ở một bước sóng khác, trên biểu đồ bạn sẽ thu được hai pic riêng biệt với hai fluorophore sử dụng. Ví dụ với Cy3 là 550nm và 570nm, với Cy5 là 649nm và 670nm. Alẽa fluor thì có rất nhiều dạng khác nhau. Bạn có nghe nói đến fluorescently labeled dendrimer chưa ? Ngoài ra người ta còn sử dụng các nucleotid lạ để đánh dấu như amino-allyl-dNTP, biotined dNTP/streptavidine-phycoerythrin.
Có một điểm quan trọng cần phân biệt : với Southern, Northern blot, bạn điện di trên gel tất cả các đoạn ADN, ARNm, sau đó phát hiện đoạn gene cần khảo sát bằng lai hoá với đoạn probe đánh dấu. Trong DNA arrays, bạn spot tất cả các đoạn probe trên màng lai hoá. Các mẫu AND và ARNm(phải sao mã ngược thành cDNA) trong các điều kiện đang nghiên cứu được nhân lên, đánh dấu phóng xạ hay quang rồi cho lai hoá với các đoạn probe trên màng. Ở các spot có positive signal bạn sẽ xác định được gene cần nghiên cứu lai hoá với đoạn probe nào.
Cách thức để phát hiện tín hiệu lai hoá khi sử dụng probe radioactive hay probe đánh dấu quang trong DNA arrays cũng giống như các trường hợp khác. Nếu nói thuần tuý về mặt vật lý hay hoá học các phản ứng xảy ra thế nào thì mình đầu hàng (hehe)