Chào cả nhà ! Trong membrane-based Southern Blot, người ta dùng HCl 0.25 M để depurinate DNA trong agarose gel trước khi denature với NaOH 0.4 M rồi mới transfer. Nếu loại bỏ hết purines rồi thì DNA đâu còn là chuỗi DNA nữa, làm sao phát hiện bằng các probes ? Ai biết chỉ dùm, xin cảm ơn.
Bạn nói đúng, việc dùng bước depurination trong Southern blot phải thận trọng vì nó có thể cắt DNA trở thành những đoạn quá nhỏ gây trở ngại cho việc phát hiện đoạn DNA mà mình muốn. Thông thường thì bước này được bỏ qua, chỉ trừ khi DNA cần phát hiện ở trong đoạn DNA quá lớn, chẳng hạn lớn hơn 15kb. DNA lớn hơn 15kb rất khó transfer sang màng.
Chính việc depurination mới giúp cho các mẫu dò hoạt động có hiệu quả. Bây giờ nạn hãy suy nghĩ thế này nhé. Bạn có 1 cây tre khá dài, và bạn có 1 khúc ngắn chừng 1 cánh tay thậm chí 1 gang tay, biết rằng khúc tre nhỏ này giống với 1 đoạn nào đó trên thân cây tre còn nguyên. vậy làm sao tìm ra đoạn giống nhau ấy đây? Rõ ràng nếu để cả 1 cay tre như thế thì hơi khó làm việc, thế nên người ta suy nghĩ theo hướng là: đầu tiên chặt cây tre thành từng khúc nhỏ, tức là cắt cây tre theo chiều ngang; sau đó chẻ đôi những khúc tre nhỏ theo chiều dọc. Như thế ta có những đoạn tre nhỏ nhắn rất tiện cho việc dò tìm. vậy bạn thử suy nghĩ coi là với 2 chất là HCl và NaOH thì chất nào cắt ngắn và chất nào chẻ dọc, nó tác động vào đâu để làm việc này? Nồng độ hai chất này ảnh hưởng thế nào đến việc cắt?
