DNA array books

Thân gửi bạn trang198,

HuyNguyễn đã dò tìm và thấy có 5 quyển liên quan đến DNA array và DNA hybridization theo yêu cầu của bạn. Do HN không rõ là bạn đang làm thực nghiệm về vấn đề gì nên khó có thể giới thiệu sách 1 cách tường tận. Nếu được, bạn cho biết vấn đề bạn quan tâm, chúng tôi sẽ nhờ các anh chị cộng tác viên tư vấn giúp bạn

Dưới đây là tên sách, mục lục chi tiết của 5 quyển sách mà HN đề cập

=========================================
DNA Arrays-Technologies and Experimental Strategies
Elena V Grigorenko
ISBN: 0849322855
CRC Press

Table of Contents
Introduction

Technology Development for DNA Chips,
H. Eickhoff, U. Schneider, E. Nordoff, L. Nyarsik, G. Zehetner, W. Nietfried, and G. Lehrach

Experimental Design for Hybridization Aray Analysis of Gene Expression,
W. Freeman and K. Vrana

Nylon Platform: Pros and Cons,
E. Grigorenko, S. Weber

Oligonucleotide Array Technologies for Gene Expression Profiling,
D. Doris, R. Ramakrishnan, T. Sendera, S. Magnuson, and A. Mazumder

Electrochemical Detection of Nucleic Acids,
R. Witwer, E. Espenhahn, M. Napier, and H. Thorp

DNA Microarrays in Neurobiology,
M-C. Potier, B. Golfier, N. Cauli, B. Gibelin, B. Le Bourdelles, B. Lambolez, S. Kuhlmann, P. Marc, F. Devaux, and J. Rossier

Data Management in Microarray Fabrication, Image Processing and Data Mining,
A. Kuklin, S. Shah, B. Hoff, and S. Shams

Zeroing In on Essential Gene Expression Data, S. Fuhrman, S. Liang, X. Wen, and R. Somogyi

Application of Arrayed Libraries for Analysis of Differential Gene Expression Followed Chronic Cannabinoid Exposure,
E. Grigorenko, J. Kittler, and S. Deadwyler

Supplier List

List of Web Sites Related to DNA Arrays

=================================================

DNA Microarray Data Analysis
CSC â?" Scientific Computing Ltd.
2003
ISBN 952-9821-89-1
PASANEN, JANNA SAARELA, ILANA SAARIKKO, TEEMU
TOIVANEN, MARTTI TOLVANEN,
MAUNO VIHINEN AND GARRY WONG
E***ORS JARNO TUIMALA AND M. MINNA LAINE
CSC
Contents
Preface 5
List of Contributors 6
I Introduction 14
1 Introduction 15
1.1 Why perform microarray experiments? . . . . . . . . . . . . . 15
1.2 What is a microarray? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15
1.3 Microarray production . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 16
1.4 Where can I obtain microarrays? . . . . . . . . . . . . . . . . 17
1.5 Extracting and labeling the RNA sample . . . . . . . . . . . . 19
1.6 RNA extraction from scarse tissue samples . . . . . . . . . . . 19
1.7 Hybridization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
1.8 Scanning . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20
1.9 Typical research applications of microarrays . . . . . . . . . . 21
1.10 Experimental design and controls . . . . . . . . . . . . . . . . 22
1.11 Suggested reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 23
2 Affymetrix Genechip system 25
2.1 Affymetrix technology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2.2 Single Array analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 25
2.3 Detection p-value . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
2.4 Detection call . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
2.5 Signal algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 26
2.6 Analysis tips . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.7 Comparison analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 27
2.8 Normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
2.9 Change p-value . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 28
2.10 Change call . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
2.11 Signal Log Ratio Algorithm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29
3 Genotyping systems 31
3.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
8 DNA microarray data analysis
3.2 Methodologies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 31
3.3 Genotype calls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 32
3.4 Suggested reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 33
4 Overview of data analysis 34
4.1 cDNA microarray data analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . 34
4.2 Affymetrix data analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
4.3 Data analysis pipeline . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 35
5 Experimental design 38
5.1 Why do we need to consider experimental design? . . . . . . . 38
5.2 Choosing and using controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . 38
5.3 Choosing and using replicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . 39
5.4 Choosing a technology platform . . . . . . . . . . . . . . . . 39
5.5 Gene clustering v. gene classification . . . . . . . . . . . . . . 40
5.6 Conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
5.7 Suggested reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 41
6 Basic statistics 42
6.1 Why statistics are needed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
6.2 Basic concepts . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
6.2.1 Variables . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
6.2.2 Constants . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
6.2.3 Distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 42
6.2.4 Errors . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.3 Simple statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.3.1 Number of subjects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.3.2 Mean (m) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.3.3 Trimmed mean . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.3.4 Median . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 43
6.3.5 Percentile . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.3.6 Range . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.3.7 Variance and the standard deviation . . . . . . . . . . . . 44
6.3.8 Coefficient of variation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.4 Effect statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.4.1 Scatter plot . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 44
6.4.2 Correlation (r) . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 45
6.4.3 Linear regression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 46
6.5 Frequency distributions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
6.5.1 Normal distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 47
6.5.2 t-distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
6.5.3 Skewed distribution . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 49
6.5.4 Checking the distribution of the data . . . . . . . . . . . . 50
Contents 9
6.6 Transformation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 51
6.6.1 Log2-transformation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
6.7 Outliers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 52
6.8 Missing values and imputation . . . . . . . . . . . . . . . . . 53
6.9 Statistical testing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
6.9.1 Basics of statistical testing . . . . . . . . . . . . . . . . . 54
6.9.2 Choosing a test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
6.9.3 Threshold for p-value . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
6.9.4 Hypothesis pair . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 55
6.9.5 Calculation of test statistic and degrees of freedom . . . . 56
6.9.6 Critical values table . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
6.9.7 Drawing conclusions . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
6.9.8 Multiple testing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 57
6.10 Analysis of variance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
6.10.1 Basics of ANOVA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 58
6.10.2 Completely randomized experiment . . . . . . . . . . . . 58
6.11 Statistics using GeneSpring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
6.11.1 Simple statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
6.11.2 Tranformations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
6.11.3 Scatter plot and histogram . . . . . . . . . . . . . . . . . 60
6.11.4 Correlation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
6.11.5 Linear regression . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 61
6.11.6 One-sample t-test . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 62
6.11.7 Independent samples t-test and ANOVA . . . . . . . . . . 62
6.12 Suggested reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 64
II Analysis 65
7 Preprocessing of data 66
7.1 Rationale for preprocessing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
7.2 Missing values . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 66
7.3 Checking the background reading . . . . . . . . . . . . . . . . 68
7.4 Calculation of expression change . . . . . . . . . . . . . . . . 69
7.4.1 Intensity ratio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 69
7.4.2 Log ratio . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 70
7.4.3 Fold change . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
7.5 Handling of replicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
7.5.1 Types of replicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
7.5.2 Time series . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 71
7.5.3 Case-control studies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
7.5.4 Power analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
7.5.5 Averaging replicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 72
7.6 Checking the quality of replicates . . . . . . . . . . . . . . . . 72
10 DNA microarray data analysis
7.6.1 Quality check of replicate chips . . . . . . . . . . . . . . 73
7.6.2 Quality check of replicate spots . . . . . . . . . . . . . . 73
7.6.3 Excluding bad replicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . 73
7.7 Outliers . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
7.8 Filtering bad data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 74
7.9 Filtering uninteresting data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 76
7.10 Simple statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
7.10.1 Mean and median . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
7.10.2 Standard deviation . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
7.10.3 Variance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
7.11 Skewness and normality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 77
7.11.1 Linearity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 78
7.12 Spatial effects . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 79
7.13 Normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 81
7.14 Similarity of dynamic range, mean and variance . . . . . . . . 81
7.15 Examples using GeneSpring . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
7.15.1 Importing data . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
7.15.2 Background subtraction . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
7.15.3 Calculation of expression change . . . . . . . . . . . . . 82
7.15.4 Replicates . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 82
7.15.5 Checking linearity . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
7.15.6 Normality . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
7.15.7 Filtering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 83
7.16 Suggested reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 84
8 Normalization 85
8.1 What is normalization? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
8.2 Sources of systematic bias . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
8.2.1 Dye effect . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
8.2.2 Scanner malfunction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 85
8.2.3 Uneven hybridization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
8.2.4 Printing tip . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
8.2.5 Plate and reporter effects . . . . . . . . . . . . . . . . . . 86
8.2.6 Batch effect and array design . . . . . . . . . . . . . . . . 87
8.2.7 Experimenter issues . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
8.2.8 What might help to track the sources of bias? . . . . . . . 87
8.3 Normalization terminology . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 87
8.3.1 Normalization, standardization and centralization . . . . . 88
8.3.2 Per-chip and per-gene normalization . . . . . . . . . . . . 89
8.3.3 Global and local normalization . . . . . . . . . . . . . . . 89
8.4 Performing normalization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
8.4.1 Choice of the method . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 89
Contents 11
8.4.2 Basic idea . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
8.4.3 Control genes . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 90
8.4.4 Linearity of data matters . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
8.4.5 Basic normalization schemes for linear data . . . . . . . . 91
8.4.6 Special situations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 91
8.5 Mathematical calculations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
8.5.1 Mean centering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
8.5.2 Median centering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
8.5.3 Trimmed mean centering . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
8.5.4 Standardization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 92
8.5.5 Lowess smoothing . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 93
8.5.6 Ratio statistics . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
8.5.7 Analysis of variance . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
8.5.8 Spiked controls . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
8.5.9 Dye-swap experiments . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 94
8.6 Some caution is needed . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
8.7 Graphical example . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
8.8 Example of calculations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 95
8.9 Using GeneSpring for normalization . . . . . . . . . . . . . . 96
8.10 Suggested reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 98
9 Finding differentially expressed genes 100
9.1 Identifying over- and underexpressed genes . . . . . . . . . . 100
9.1.1 Filtering by absolute expression change . . . . . . . . . . 100
9.1.2 Statistical single chip methods . . . . . . . . . . . . . . . 100
9.1.3 Noise envelope . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 101
9.1.4 Sapir and Churchillâ?Ts single slide method . . . . . . . . . 101
9.1.5 Chenâ?Ts single slide method . . . . . . . . . . . . . . . . . 102
9.1.6 Newtonâ?Ts single slide method . . . . . . . . . . . . . . . 103
9.2 What about the confidence? . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 104
9.2.1 Only some treatments have replicates . . . . . . . . . . . 104
9.2.2 All the treatments have replicates: two-sample t-test . . . 105
9.2.3 All the treatments have replicates: one-sample t-test . . . 106
9.3 GeneSpring examples . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 106
9.4 Suggested reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 107
10 Cluster analysis of microarray information 108
10.1 Basic concept of clustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
10.2 Principles of clustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 108
10.3 Hierarchical clustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 109
10.4 Self-organizing map . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 110
10.5 K-means clustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 111
10.6 Principal component analysis . . . . . . . . . . . . . . . . . . 112
12 DNA microarray data analysis
10.7 Pros and cons of clustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 113
10.8 Visualization . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 114
10.9 Programs for clustering and visualization . . . . . . . . . . . . 116
10.10 Function prediction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
10.11 GeneSpring and clustering . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
10.11.1 Clustering tool . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 117
10.11.2 Principal components analysis tool . . . . . . . . . . . . . 118
10.11.3 Predict parameter value tool . . . . . . . . . . . . . . . . 119
10.12 Suggested reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 119
III Data mining 120
11 Gene regulatory networks 121
11.1 What are gene regulatory networks? . . . . . . . . . . . . . . 121
11.2 Fundamentals . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 121
11.3 Bayesian network . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 123
11.4 Calculating Bayesian network parameters . . . . . . . . . . . 124
11.5 Searching Bayesian network structure . . . . . . . . . . . . . 126
11.6 Conclusion . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 127
11.7 Suggested reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 128
12 Data mining for promoter sequences 129
12.1 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
12.2 Introduction . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 129
12.3 Finding promoter region sequences . . . . . . . . . . . . . . . 130
12.4 Using EnsMart to retrieve promoter regions . . . . . . . . . . 133
12.5 Comparison of EnsMart and UCSC searches . . . . . . . . . . 135
12.6 Pattern search without prior knowledge . . . . . . . . . . . . . 137
12.7 Summary . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 138
12.8 GeneSpring and promoter analysis . . . . . . . . . . . . . . . 138
12.9 Suggested reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 139
13 Annotations and article mining 140
13.1 Retrieving annotations from public databases . . . . . . . . . 140
13.2 Retrieving annotations using BLAST . . . . . . . . . . . . . . 141
13.3 Article mining . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 141
13.4 Annotation and gene ontologies using GeneSpring . . . . . . . 142
13.4.1 Annotations . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
13.4.2 Ontologies . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 142
IV Tools and data management 144
14 Reporting results 145
14.1 Why the results should be reported . . . . . . . . . . . . . . . 145
14.2 What details should be reported: the MIAME standard . . . . 145
Contents 13
14.3 How the data should be presented: the MAGE standard . . . . 147
14.3.1 MAGE-OM . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 147
14.3.2 MAGE-ML; an XML-translation of MAGE-OM . . . . . 147
14.3.3 MAGE-STK . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
14.4 Where and how *****bmit your data . . . . . . . . . . . . . . 148
14.4.1 ArrayExpress and GEO . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
14.4.2 MIAMExpress . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 148
14.4.3 GEO . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
14.4.4 Other options and aspects . . . . . . . . . . . . . . . . . 149
14.5 MIAME-compliant sample attributes in GeneSpring . . . . . 150
14.6 Suggested reading . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 150
15 Software issues 152
15.1 Data format conversions problems . . . . . . . . . . . . . . . 152
15.2 A standard file format . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 152
15.3 Programming . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
15.3.1 Perl . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
15.3.2 Awk . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 153
15.3.3 R . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
15.4 Freeware software packages . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 154
15.4.1 Cluster and treeview . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
15.4.2 Expression profiler . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
15.4.3 ArrayViewer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
15.4.4 MAExplorer . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
15.4.5 Bioconductor . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 155
15.5 Commercial software packages . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
15.5.1 VisualGene . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
15.5.2 GeneSpring . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
15.5.3 Kensington . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
15.5.4 J-Express . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 156
15.5.5 Expression Nti . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
15.5.6 Rosetta Resolver . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
15.5.7 Spotfire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 157
Index 158

DNA Arrays
Methods and Protocols
Rampal, Jang B. (Beckman Coulter, Inc., Fullerton, CA)
Pub. Date: March 2001
Methods in Molecular Biology series - Volume 170


1. DNA Microarrays: History and Overview
Southern, Edwin M.
pp. 1-15

2. Gel-Immobilized Microarrays of Nucleic Acids and Proteins: Production and Application for Macromolecular Research
Zlatanova, Jordanka; Mirzabekov, Andrei
pp. 17-38

3. Sequencing by Hybridization Arrays
Drmanac, Radoje; Drmanac, Snezana
pp. 39-51


4. Ethical Ramifications of Genetic Analysis Using DNA Arrays
Grody, Wayne W.
pp. 53-69


5. Photolithographic Synthesis of High-Density Oligonucleotide Arrays
McGall, Glenn H.; Fidanza, Jacqueline A.
pp. 71-101
6. Automated Genotyping Using the DNA MassArrayõ"Â Technology
Jurinke, Christian; van den Boom, Dirk; Cantor, Charles R.; Kảster, Hubert
pp. 103-116


7. Ink-Jet-Deposited Microspot Arrays of DNA and Other Bioactive Molecules
Cooley, Patrick; Hinson, Debra; Trost, Hans-Jochen; Antohe, Bogdan; Wallace, David
pp. 117-129


8. Printing DNA Microarrays Using the Biomekđ 2000 Laboratory Automation Workstation
Galbraith, David W.; Macas, Jirư; Pierson, Elizabeth A.; Xu, Wenying; NouzovĂ, Marcela
pp. 131-140



9. Hybridization Analysis of Labeled RNA by Oligonucleotide Arrays
Certa, Ulrich; de Saizieu, Antoine; Mous, Jan
pp. 141-156


10. Analysis of Nucleic Acids by Tandem Hybridization on Oligonucleotide Microarrays
Maldonado-Rodriguez, Rogelio; Beattie, Kenneth L.
pp. 157-168

11. DNA Sequencing by Hybridization with Arrays of Samples or Probes
Drmanac, Radoje; Drmanac, Snezana; Baier, Joerg; Chui, Gloria; Coleman, Dan; Diaz, Robert; Gietzen, Darryl; Hou, Aaron; Jin, Hui; Ukrainczyk, Tatjana; Xu, Chongjun
pp. 173-179


12. Using Oligonucleotide Scanning Arrays to Find Effective Antisense Reagents
Sohail, Muhammad; Southern, Edwin M.
pp. 181-199


13. Low-Resolution Typing of HLA-DQA1 Using DNA Microarray
Haddock, Sarah H.; Quartararo, Christine; Cooley, Patrick; Dao, Dat D.
pp. 201-210


14. Gene Expression Analysis on Medium-Density Oligonucleotide Arrays
Sinibaldi, Ralph; O''Connell, Catherine; Seidel, Chris; Rodriguez, Henry
pp. 211-222



15. Use of Bioinformatics in Arrays
Kalocsai, Peter; Shams, Soheil
pp. 223-236


16. Confocal Scanning of Genetic Microarrays
Dixon, Arthur E.; Damaskinos, Savvas
pp. 237-246



17. Business Aspects of Biochip Technologies
Rubenstein, Kenneth E.
pp. 247-256

In Situ Hybridization Protocols
Second E***ion
Darby, Ian A. (RMIT University, Bundoora, Victoria, AUSTRALIA)
Pub. Date: September 1999
Methods in Molecular Biology series - Volume 123

1. Preparation of Human Partial Chromosome Paints from Somatic Cell Hybrids
Archidiacono, Nicoletta; Marzella, Rosalia; Spalluto, Cosma; Pennacchia, Margherita; Viggiano, Luigi; Rocchi, Mariano
pp. 3-14
2. DNA-Protein In Situ Covisualization for Chromosome Analysis
Heng, Henry H. Q.; Spyropoulos, Barbara; Moens, Peter B.
pp. 15-28

3. Radioactive In Situ Hybridization to Animal Chromosomes
Webb, Graham C.
pp. 29-50
4. Native Polytene Chromosomes of Drosophila melanogaster for Light and Electron Microscopic Observation of the Conformation and Distribution of Molecules
Hill, Ronald J.; Mott, Margaret R.
pp. 51-68

5. Released Chromatin or DNA Fiber Preparations for High-Resolution Fiber FISH
Heng, Henry H. Q.
pp. 69-82

6. In Situ Hybridization to Polytene Chromosomes of Drosophila melanogasterand Other Dipteran Species
Phillips, A. Marie; Martin, Jon; Bedo, Daniel G.
pp. 83-102

7. In Situ Hybridization to Polytene Chromosomes
Saunders, Robert D. C.
pp. 103-114

8. Comparative Gene Mapping in Exotic Species Using FISH
Marshall-Graves, Jennifer A.; Wilcox, Stephen A.; Todor, Roland; Maccarone, Pino
pp. 115-128

9. In Situ Hybridization with Nonradioactive Probes
Childs, Gwen V.
pp. 131-142


10. Quantitative In Situ Hybridization Using Radioactive Probes to Study Gene Expression in Heterocellular Systems
Le Moine, Catherine
pp. 143-156

11. In Situ End-Labeling of Fragmented DNA and the Localization of Apoptosis
Hewitson, Tim D.; Bisucci, Teresa; Darby, Ian A.
pp. 157-164

12. Combined Immunohistochemical Labeling and In Situ Hybridization to Colocalize mRNA and Protein in Tissue Sections
Smith, Malcolm D.; Parker, Angela; Wikaningrum, Riyani; Coleman, Mark
pp. 165-176


13. In Situ Hybridization Protocols for Detection of Viral DNA Using Radioactive and Nonradioactive DNA Probes
Jilbert, Allison R.
pp. 177-194


14. Signal Amplification for DNA and mRNA
Speel, Ernst J. M.; Hopman, Anton H.N.; Komminoth, Paul
pp. 195-216

15. In Situ Localization of PCR-Amplified DNA and cDNA
Nuovo, Gerard J.
pp. 217-238

16. Ultrastructural Detection of Nucleic Acids on Thin Sections of Tissue Embedded in Hydrophilic Resin
Le Guellec, Dominique
pp. 239-258


17. In Situ Hybridization for Electron Microscopy
Waller, Ross F.; McFadden, Geoffrey I.
pp. 259-278



18. In Situ Hybridization of Whole-Mount Embryos
Hargrave, Murray; Koopman, Peter
pp. 279-290

19. cRNA Probes: Comparison of Isotopic and Nonisotopic Detection Methods
Bisucci, Teresa; Hewitson, Tim D.; Darby, Ian A.
pp. 291-304



20. Molecular Cytogenetic Analysis of Sperm from Infertile Males Undergoing Intracytoplasmic Sperm Injection
Kearns, William G.; Pang, Myung-Geol; Griffin, Darren; Brihn, Lesil; Stacey, Michael; Doncel, Gustavo F.; Oehninger, Sergio; Acosta, Anabil A.; Hoegerman, Stanton F.
pp. 307-322

21. Localization of HIV-1 DNA and Tumor Necrosis Factor-Ỵ mRNA in Human Brain Using Polymerase Chain Reaction In Situ Hybridization and Immunocytochemistry
Wesselingh, Steven L.; Glass, Jonathan D.
pp. 323-338

In Situ Hybridization Protocols
Choo, K. H. Andy (Murdoch Institute, Melbourne, AUSTRALIA)
Pub. Date: October 1994
Methods in Molecular Biology series - Volume 33


1. Preparation of Human Chromosomal Painting Probes From Somatic Cell Hybrids
Archidiacono, Nicoletta; Antonacci, Rachele; Forabosco, Antonino; Rocchi, Mariano
pp. 1-14

2. Fluorescent In Situ Hybridization Using Chromosome-Specific DNA Libraries
Kearns, William G.; Pearson, Peter L.
pp. 15-22


3. Reverse Chromosome Painting
Pedersen, Sáren; HindkjƯr, Johnny; Brandt, Carsten A.; Bolund, Lars; Kálvraa, Steen
pp. 23-34


4. FISH Detection on DAPI-Banded Chromosomes
Heng, Henry H. Q.; Qui, Lap-Chee
pp. 35-50

5. Generation of Alphoid DNA Probes for Fluorescence In Situ Hybridization (FISH) Using the Polymerase Chain Reaction
Lengauer, Christoph; Dunham, Ian; Featherstone, Terry; Cremer, Thomas
pp. 51-62

6. In Situ Hybridization Using Synthetic Oligomers as Probes for Centromere and Telomere Repeats
Meyne, Julianne; Moyzis, Robert K.
pp. 63-74


7. Mapping Human YAC Clones by Fluorescence In Situ Hybridization Using Ah-PCR from Single Yeast Colonies
Baldini, Antonio; Lindsay, Elizabeth A.
pp. 75-84


8. FISH of Ah-PCR-Amplified YAC Clones and Applications in Tumor Cytogenetics
Lengauer, Christoph; Speicher, Michael R.; Cremer, Thomas
pp. 85-94


9. Primed In Situ (PRINS) Labeling of DNA
HindkjƯr, Johnny; Koch, Járn; Mogensen, Jens; Kávraa, Steen; Bolund, Lars
pp. 95-108

10. Free Chromatin Mapping by FISH
Heng, Henry H. Q.; Tsui, Lap-Chee P.
pp. 109-122

11. Use of DNA-Halo Preparations for High-Resolution DNA In Situ Hybridization
Raap, Anton K.; Wiegant, Joop
pp. 123-130


12. In Situ Hybridization of Meiotic Prophase Chromosomes
Spyropoulos, Barbara; Moens, Peter B.
pp. 131-140


13. Strand-Specific Fluorescence In Situ Hybridization for Determining Orientation and Direction of DNA Sequences
Meyne, Julianne; Goodwin, Edwin H.
pp. 141-146


14. Radioactive In Situ Hybridization to Replication-Banded Chromosomes
Earle, Elizabeth; Choo, K H. Andy
pp. 147-158

15. Gene Mapping Using 3H-Labeled Heterologous Probes
Maccarone, Pino; Wilcox, Stephen A.; Watson, Jaclyn M.; Marshall-Graves, Jennifer A.
pp. 159-172

16. Dual-Label Fluorescence In Situ Hybridization Detection of Individual Chromosomes in Sperm Using Ejaculated Semen
Ford, Ju***h H.; Han, Tie Lan; Webb, Graham C.
pp. 173-182


17. In Situ Hybridization to Drosophila Polytene Chromosomes
Saunders, Robert D. C.
pp. 183-192

18. In Situ Hybridization to Polytene Chromosomes of Drosophila melanogaster and Other Dipteran Species
Phillips, A Marie; Martin, Jon; Bedo, Daniel G.
pp. 193-210

19. Microsurgical Isolation of Native Polytene Chromosomes of Drosophila melanogaster for In Situ Molecular Observation
Hill, Ronald J.
pp. 211-222

20. PCR In Situ Hybridization
Nuovo, Gerard J.
pp. 223-242

21. Detection of Virus Nucleic Acids by Radioactive and Nonisotopic In Situ Hybridization
Gowans, Eric J.; Blight, Keril; Arthur, Jane; Higgins, Geofiey D.
pp. 243-256

22. Sensitive Immunocytochemical Detection of Viral Genomes
Boulter, Alison; Teo, Chong Gee
pp. 257-264

23. Primed In Situ (PRINS) Labeling of RNA
Mogensen, Jens; Pedersen, Sáren; HindkjƯr, Johnny; Kálvraa, Steen; Bolund, Lars
pp. 265-276

24. Hybridization Histochemistry Using Radiolabeled Oligodeoxyribonucleotide Probes
Penschow, Jennifer D.; Coghlan, John P.
pp. 277-292


25. mRNA In Situ Hybridization to In Vitro 5AC Cultured Cells
Raap, Anton K; van de Rijke, Frans M.; Dirks, Roeland W.
pp. 293-300

26. Quantitative In Situ Hybridization Using Radioactive Probes in the Study of Gene Expression in Heterocellular Systems
Le Moine, Catherine; Bernard, Vâronique; Bloch, Bernard
pp. 301-312

27. Tissue Distribution of Gene Expression in Mammalian Development
Beck, Felix; Tucci, Joe; Senior, Paul P.
pp. 313-344
28. Subcellular Location of mRNA by Electron Microscope Hybridization Histochemistry
Penschow, Jennifer D.; Coghlan, John P.
pp. 345-358

29. Principle of Digital Imaging Microscopy
Coppey-Moisan, Maïtâ; Delic, Jozo; Magdelenat, Henri; Coppey, Jacques
pp. 359-394

30. Application of In Situ Hybridization for the Detection of Virus Nucleic Acids
Gowans, Eric J.; Arthur, Jane; Blight, Keril; Higgins, Geoffrey D.
pp. 395-408

31. Positional Cloning and Multicolor In Situ Hybridization: Principles and Protocols
Lebo, Roger V.; Su, Ying
pp. 409-438

32. Characterization of Constitutive Marker Chromosomes in Humans
Callen, David F.
pp. 439-458

33. Detection of Chromosomal Aberrations in Interphase and Metaphase Cells in Prenatal and Postnatal Studies
Kearns, William G.; Pearson, Peter L.
pp. 459-476

Cám ơn sự giúp đỡ của phòng tài liệu HN, hiện em đã download số file attach mà phòng tài liệu gửi, em sẽ tìm những tài liệu mình cần và sẽ reply yêu cầu của mình. Em cũng sẽ gửi kèm trong reply vấn đề và lĩnh vực áp dụng mà em hiện quan tâm.
Tiện đây xin góp ý một đôi lời:
- Thứ nhất, đúng là với khả năng của SV hiện nay thì ngay cả tài liệu photo cũng là đắt, vì vậy khó có thể trách những lời mè nheo như đã có, vấn đề là Huy Nguyễn phải tìm được cách nào để số tài liệu của mình có thể đến được tay người cần mà không đọng tài liệu và đọng vốn (máy móc, công sức...), mà cũng không được thiệt quá đến công sức của anh chị em. (dù chi phí 500đ/2trangin là không thể rẻ hơn!)
- Thứ hai, dĩ nhiên không thể bán file pdf được, vì có thể nhân lên không nằm trong tầm kiểm soát, phí công sức của anh chị em đã bỏ ra sưu tập tài liệu. Nhưng cũng phải tính đến chuyện có một số tài liệu chuyên sâu, nếu có nhận được file thì khả năng sao thêm nhiều bản hơn là khó xảy ra, vì vậy không nhất thiết là tất cả mọi tài liệu đều máy móc kiểm soát qua đường bản in...
- Thứ ba, tất cả các tài liệu của Huy Nguyễn đa phần (nếu khôngmuốn nói là tất cả) đều có bản quyền. Dù file tài liệu được NXB đồng ý cung cấp cho member (oversea!) nhưng không có nghĩa là user được tuỳ ý sao chép và mua bán nó. Không nhà xuất bản nào, không tác giả nào cảm thấy vui vẻ (thật sự chứ không phải xã giao!) khi thấy tài liệu của mình được kinh doanh (dù theo nghĩa rất tích cực!) như thế này, chắc họ cũng chả nhận được đồng nhuận bút bản quyền nào. Vì vậy, nếu để hoạt động diễn ra lâu dài và chắc chắn, nên tính đến chuyện này.
- Thứ tư, mỗi tài liệu (dạng books) bán qua Amazon chẳng hạn, giá trị mỗi đầu sách khoảng từ 50 - 100USD (đa số!), nếu một tài liệu ~300 trang thì người đọc phải bỏ ra ~700.000VND, nhưng may mắn là không phải bỏ công sức tìm kiếm, điều này không có gì phải bàn, tất nhiên là đối với người đã có thu nhập, chứ sinh viên thì chưa thể kham nổi !
Còn nhiều góp ý khác, nếu được quan tâm sẽ tiếp tục đóng góp, hy vọng Huy Nguyễn sẽ là nguồn tài liệu quan trọng ở VN (nhất là trong đk ở VN mà lại không có Cre*** card!)
À, em hỏi thêm (P/S ấy mà!) liệu em có thể yêu cầu từng chương của từng sách một được không, chứ cả quyển thì khó khăn quá ! (em hỏi vì chưa đọc file đính kèm trong mail, xin lỗi nếu chưa biết !)
Cám ơn anh chị đã quan tâm !

Hay! Kẻ hậu sinh này ăn nói được lắm! Từ nay ông bạn concay bớt coi thường SV đi nhé!
Em còn ý tưởng gì thì xin cứ tiếp tục. À, mà em đã hỏi bố em chưa, biết đâu ông cụ có cre*** card?

Chào bạn trang 198
Đúng như bạn nói, vấn đề bản quyền là một vấn đề hết sức đau đầu, nhưng muốn có giá rẻ cho sinh viên, chúng tôi cũng lưu ý nhưng chẳng thể làm khác hơn được. Do đó, trong tình hình hiện nay khi VN chưa có quá chặt về việc bản quyền, thì đành vậy !!! Chứ nếu mỗi cuốn sách đều đòi có bản quyền, thì cái giá của nó, e rằng ít có sinh viên nào với nổi. Tuy nhiên, thật ra việc mua sách ở HN không thực sự là "mua sách" , nó thực ra là việc trả tiền "in ấn tài liệu" vì giá mà bạn trả là giá in chứ không phải giá mua sách. Cho nên, một cách miễn cưỡng, có thể coi HN là nơi sưu tập và chia sẻ tài liệu, in chỉ là dịch vụ cộng thêm thôi. (nhưng đừng yêu cầu chúng tôi chia sẻ theo kiểu chép file cho bạn, như thế thì chúng tôi không thể sống để mà sưu tập và chia sẻ tiếp được). (Cũng vì nghĩ đến việc bản quyền như thế này nên chúng tôi không muốn BÁN file điện tử ra ngoài dù như bạn nói là ta hoàn toàn có thể làm như vậy.)
Việc mua sách có bản quyền trên amazon là điều chúng tôi có thể làm dùm bạn (vì tôi có thể mua bằng cre*** card), cho nên nếu bạn có nhu cầu mua sách đẹp, đầy đủ bản quyền và chấp nhận được mức giá thì cứ việc qua chỗ chúng tôi đặt hàng, thanh toán tiền, chúng tôi sẽ đặt mua.
Bạn hoàn toàn có thể đặt in từng chương nhưng không thể chỉ in từ trang -- đến trang được, mà phải trọn vẹn ít nhất là một chương, bao gồm cả phần reference của chương đó nếu có. Nói điều này vì đã từng có sinh viên yêu cầu tôi in riêng phần methods trong bài thôi, hoặc cắt bỏ phần reference đi cho ... nhẹ tiền. Xin lỗi, kiểu như thế thì tôi không đủ nhân lực để làm đâu. Tuy nhiên, nếu bạn muốn in sách hoặc bài, bạn nên đến tận nơi, để tránh việc đặt hàng rồi không lấy sách.

Toi khong he coi thuong SV, neu ko noi la rat tran trong ho, vi the he @ se ke tiep the he cua the he truoc lam rang danh cai nen Khoa hoc VN "thung rong keu to" nay. Vi the toi moi lao tam kho tri de di kiem tai lieu cho ho. Cai ma toi ko dong y la su THO O VO TRACH NHIEM cua ho doi voi CHINH KIEN THUC MA HO CAN PHAI CO.
Nhung phat bieu kieu nhu nicevirus la hoan toan khong chap nhan duoc khi ho khong nhin ra duoc gia tri cua sach. Dolly thi khac han, nhan thay nhu cau can doc sach nhung vap phai van de TIEN BAC, nen tinh toan khong thay het van de. Con trang198 thi co kha hon, nhung chi thay 1 ma khong thay 10. Terderlion da giai thich ro rang roi QUYEN SU DUNG SACH khac voi QUYEN BAN SACH. Neu noi ve ban quyen, co le ban trang198 se chang bao gio co dip ma ro toi may cuon sach nay. Vay nhe, trong dieu kien VN, neu muon SY DIEN thi cu SY DIEN chang ai cam doan dau.

Vậy là anh concay cố tình hiểu sai ý em rồi, và anh thể hiện bản thân là người không thích nghe góp ý của người khác. Hơn nữa anh cũng không thích đọc những lời góp ý, vì vậy em sẽ thôi không làm cái việc dại dột ấy nữa. Cám ơn anh đã không dấu diếm suy nghĩ của mình.
Cho dù với giá tiền phải chi phí là bao nhiêu đi nữa thì em cũng sẽ cố gắng tiết kiệm chi tiêu để có được tài liệu em cần. Em góp ý như trên không có lời nào và ý nào mong muốn sẽ có được những tài liệu miễn phí hay dạng file từ Huy Nguyễn (anh có thể đọc kỹ lại một lần thứ nhất, vì anh chưa đọc kỹ lần nào những góp ý của em thì phải!)
Em góp ý thế cũng vì sợ rằng Huy Nguyễn vắng như chùa, sợ rằng tài liệu thì có, nhưng bạn đọc thì đứng từ xa mà ngó nếu HN áp dụng quá máy móc những nội quy của mình. Em cũng đã đọc lại những lời đã nói, và tuyệt nhiên chưa tìm ra chỗ nào coi thường công sức của các anh chị, cũng như coi thường những gì mà HN đã có. Nhắc về bản quyền cũng chỉ là để các anh chị chuẩn bị tinh thần trước nếu bị các NXB sờ gáy, hết đường là chỗ dựa về tài liệu cho SV bọn em và những người làm khoa học trong nước. Em cũng không có lời nào bảo các anh chị bán file cho em làm gì. Em cũng không yêu cầu cắt bỏ reference vì như thế cũng rất đáng tiếc, khác nào bốc cơm bằng tay cho đỡ mất công rửa bát. Với lại xin anh hiểu cho một điều rằng thế hệ @ thờ ơ với HN không có nghĩa là họ thờ ơ với các tài liệu khoa học, vì không phải chỉ HN mới là nguồn cung cấp tài liệu duy nhất ở VN. Em cũng biết thư viện KHKT TW có kho sách và kho tài liệu dạng CD cập nhật khá thường xuyên. Ngoài ra còn có một địa chỉ khác ở ĐH Dược HN, sẵn sàng tìm và cung cấp tài liệu theo yc của bạn đọc.
Những điều em đã viết chỉ là những góp ý nhỏ, còn nhiều điều nữa em muốn trình bày ở đây, nhưng chả hiểu sao tự nhiên quên sạch rồi (chắc sẽ nhớ ra trong khoảng 10 năm sắp tới thôi!).
Tất nhiên em sẽ gửi tiền và yêu cầu trước, sau đó mới nhận tài liệu, điều này anh không phải lo lắng và nghi ngờ. Anh và HN sẽ luôn nắm đằng chuôi (xin lỗi, em nói thật ra thế để nếu anh có đọc lướt qua bài em viết này thì anh cũng sẽ không hiểu sai ý em !).
Biết rằng với công sức đã bỏ ra để có HN như ngày hôm nay, anh đã rất ức chế với những yêu cầu "củ chuối" của SV, vì vậy có thể trong tâm anh vẫn kiên nhẫn, nhưng anh viết ra thì rất không tôn trọng người khác và tỏ khá bất lịch sự.
Cám ơn anh, sẽ sớm gửi yêu cầu và thư chuyển tiền bảo đảm, mong được anh giúp đỡ !
PS. Em có hỏi thầy Hùng Vân ở ĐHKHTN TpHCM (chắc anh cũng có nghe tên Cty Nam Khoa của thầy) nhưng thầy không biết HN là chỗ nào, vậy khâu tiếp thị của HN là chưa được tốt ngay cả ở SG....... ấy chết, quên, lại góp ý vớ vẩn rồi......