Lời chào từ thành viên mới

Lời chào từ thành viên mới

Chào các bạn trong diễn đàn, tôi hiện nay đang nghiên cứu về quần thể loài của nấm trên các khu vực địa lí khác nhau. Dùng AFLP để khảo sát đa dạng trong từng quần thể và sau đó mô hình hoá bằng phylogenetic tree.
Rất mong được trao đổi và học hỏi thêm với các bạn trong về các lĩnh vực của bioinformatic.

Dùng AFLP để khảo sát đa dạng trong từng quần thể và sau đó mô hình hoá bằng phylogenetic tree.
---
hình như tôi có nghe người ta nói là Bác chi cần có kết quả của AFLP, tính các vạch rồi dùng mấy phần mềm để draw lại cái tree đấy thôi. Theo tôi biết có những phần mềm miễn phí đấy (chạy trên DÓ thì phải). Tôi có thấy có một số báo cáo làm về mấy cái cây này ở Viện CNSH, Hà Nội. Mà bác ơi, hình như chữ bioinformatics nó có chữ "s" đấy.

Cảm ơn mihn đúng là chạy xong ra AFLP thì sẽ thu được các band và phải mã hoá nó vào matrix table rồi mới dùng phần mềm để chạy được xác định similarity của các isolates. Bạn có biết là ở VN có chỗ nào đang dùng AFLP không.

tui cũng không rành phần này lắm. Gần đây thấy có người dùng phần mềm NTSys 2.1 (của một người hình như đang làm ở Viện Thuỷ sản II, TP.HCM) để phân tích kết quả AFLP của thuỷ sản. Rất tiếc tui chịu không biết rõ nó dùng có tốt không...

Bạn có thể cho mọi người cùng biết nguyên lý của pp AFLP dùng để xác định quan hệ chủng loài không? Nó có ưu điểm gì so với pp so sánh trình tự DNA?

Lại gặp câu hỏi của bác concay, chac là tui phải kiếm cái gì đó trả lời tầm bậy tầm bạ để nghe bac "giảng bài về AFLP" quá. Chác bác cũng nghĩ như tui, mong nhận được một câu trả lời tào lao để cho mọi người thấy là tui không biết gì mà lên đây nói "linh tinh" phải không. Xin thưa là tui đã nói là tui không hiểu rõ lắm, mục đích của tui chỉ là biết có ai làm về vấn đề này thì tui chỉ cho thôi. Còn họ làm như thế nào, kết quả ra sao thì chỉ có ... họ mới biết (trời cũng không biết nổi).
---
Bạn có thể cho mọi người cùng biết nguyên lý của pp AFLP dùng để xác định quan hệ chủng loài không? Nó có ưu điểm gì so với pp so sánh trình tự DNA?
----
Xin thưa với bác là tui không biết gì về AFLP đâu. Chỉ biết rằng bác hỏi câu này cũng "tào lao".... như tui. Vì AFLP dùng cho mức genome và kết quả thể hiện đa hình các đoạn các đoạn cắt bằng PCR dùng trong phân tích các maker (để chọn giống chẳn hạn). Còn cái thứ "so sánh trình tự DNA" chỉ làm trên một gen hay cụm gen nào đó cụ thể và nhỏ nhỏ thôi, làm trên toàn genome nó sai dữ lắm, vì thuật toán của nó còn nhiều chổ sai sót (cái này chắc là bác biết). Mà thật ra là nếu làm trên DNA thì cũng chỉ nên làm trên gen nào mà trình tự nó tương đối bảo tồn giữa các loài một chút (thường là các protein kiểm soát, điều hoà hay chi chi đó... - có chổ sai để bác chỉ rồi đấy) chứ còn gặp những gen quy định cho đặc tính thích nghi của sinh vật với môi trường đặc biệt thì hình như nó biến động dữ lắm, trên cả trình tự protein nữa cơ. Do vậy phân tích bằng so sánh DNA thì mệt xỉu luôn... hì hì. Đấy chính là điểm khác nhau cơ bản giữa 2 phương pháp và cũng có thể hiểu được ưu điểm của AFLP trong việc phân tích đặc điểm di truyền bộ gen sinh vật dùng làm maker
Tui đi học thì các thầy chỉ chỉ như thế thôi, tui cung không làm nghiên cứu thực ngiệm về phần này nên cũng không biết nó luôn lấy đâu mà giải thích rõ hơn bác nhỉ.

Xin lỗi, câu hỏi này tôi muốn hỏi bạn damdan thì phải (???)

Hôm nay bận quá nên chưa có điều kiện để viết bài về AFLP như yêu cầu của bác Concay. Tôi sẽ post bài về topic này vào giữa tuần.