Phương pháp phân loại số học và Phylogenetic tree

Odonata đã lập ra một chủ đề học hỏi mới và khá hấp dẫn, cái mà rất hiếm thấy trên box SH này. Tuy nhiên kiến thức bao giờ cũng có lổ hổng và luôn cần được bổ sung. Sự học hỏi bổ sung kiến thức này chỉ có được qua thiện chí của những người tham gia. Sự thiện chí của người tham gia chỉ có thể được hiểu đúng đắn qua cách dùng từ ngữ trong bài viết. Nếu có thiện chí mà dùng từ ngữ quá cảm tính thì nó sẽ đánh bại cái thiện chí của mình, và kết quả là đánh bại luôn cả cơ hội học hỏi lành mạnh và hiếm hoi này. Khi một người chịu khó đóng góp bài viết và mạnh dạn phơi bày những lổ hổng trong kiến thức của mình để mong được học hỏi thêm thì không có gì hứng thú hơn khi nhận thấy bài viết của mình bị giểu cợt vì quá tức cười. Chúng ta là con người nên ai cũng có cảm tính nhưng khi thảo luận khoa học thì cần sự khách quan và trung tính. Những phản ứng đầy cảm tính trong những bài viết trên đã cho thấy chúng ta vẫn chưa vượt qua được bức tường ngôn ngữ này. Hy vọng nó không giết chết những cố gắng mới trong tương lai.
01- Chuyện đóng góp bài việc là một việc làm đáng hoan nghênh. Bản thân tôi chủ trương là tôi chỉ đóng góp bài nếu tôi phải chắc rằng những gì tôi viết là không sai, vì thế tôi phải tốn khá nhiều thời gian để kiểm tra lại những gì mình cần viết. Do vậy (xin lỗi quý vị) tôi cảm thấy khó chịu kiểu đóng góp bài "Phylogenetic tree" của Odonata này vì một điều hết sức cơ bản là ông bạn Odonata đưa ra những kết luận chỉ đúng với những năm xa xưa. Điều này rất nguy hiểm cho những ai đọc phải kiến thức loại này, thà là không biết còn hơn biết bậy. Chưa kể là bài viết có những nhận xét một cách rất chủ quan.
02- Văn phong của tôi thế nào, tôi biết rất rõ. Nếu tôi đã phản biện thì tôi phản biện tới cùng và sử dụng văn phong khoa học đúng nghĩa. Sự thật mất lòng. Tôi lại là dân SG chính gốc, chỉ thích ngắn gọn và đầy đủ ý nên không quen với lối nói tròn trịa, vòng vo, hoa mỹ, dài dòng, vuốt ve nhau như những người khác. Tôi chỉ tức cười khi một người đọc bài phản biện của tôi xong và bảo tôi không có thiện ý. Yes, nếu tôi có "thiện ý" chắc chắn tôi sẽ khen rối rít rồi mặc kệ quý vị có những sai vớ vẩn ấu trỉ, chứ hơi sức đâu mà ngồi bỏ công ra hằng tiếng để đọc bài rồi viết phản biện.
03- Các câu hỏi tôi nêu ra có ý định hướng cho quý vị nếu muốn hiểu thấu đáo vấn đề do chính quý vị đưa ra thì nên tìm câu trả lời. Thế nên mặc xác quý vị có trả lời hay không trả lời vì tôi chẳng là gì cả.

Oài, tôi thấy sự không thiện chí ở đây là ở chỗ bạn đã đưa ra những câu hỏi chẳng để làm gì cả, nếu bạn thấy sai thì cứ chỉ ra luôn, hỏi lại tôi làm gì? Bạn muốn chứng tỏ điều gì đó? Tôi không băn khoăn về giọng điệu hay từ ngữ mà bạn sử dụng.
Bạn có giám chắc rằng bạn viết bài không có điểm nào sai sót? Sao bạn lại có thể quá tự tin như vậy trong khi bạn tự nhận bạn cũng chưa sử dụng các phương pháp mà tôi đang dùng. Bạn không nghĩ rằng nhiều lần tôi cũng không vạch những lỗi tiểu tiết của bạn ở các bài viết rộng (động chạm đến nhiều phần phân loại theo lối cổ điển hay nhưng kiến thức khác thuộc cổ sinh vật, sinh lý hoặc tập tính v.v...) vì nghĩ rằng đó không phải là chuyên ngành của bạn. Nếu tôi cũng như bạn thì chắc rằng sau mỗi bài viết của bạn lại có một bài viết của tôi.
Đã bao giờ bạn tự hỏi rằng tại sao gần đây forum thiếu những bài viết của những người làm phân loại theo lối cổ điển như tôi và Vil chưa? Tất nhiên, lòng tự ái của tôi mà cao như họ thì tôi đâu có ở đây mà tranh luận.
Còn việc phương pháp Khoảng cách là cũ hay mới, thì thưa rằng phương pháp đó không hề cũ, đúng là nó lâu đời nhưng nó vấn đúng trong nhiều trường hợp. Và có thể sử dụng tốt, nó chỉ có thê bị coi là cũ và sai khi mà có những luận cứ mới bác bỏ nó. Thật ngớ ngẩn khi cho ràng một phương pháp sẽ mất đi chỉ vì nó ra đời quá lâu (nếu nó còn có thể áp dụng và áp dụng tốt thì chằng có lý do gì nó là lạc hậu cả). Ngay cả cái phương pháp phân loại hình thái mặc dù đã có thể xem là rất rất cũ và cổ điển thì chính bạn cũng phải nhận thấy rằng nó là một phần trong các phương pháp phân loại người ta vẫn dùng hiện nay.
Bạn dựa trên cơ sở gì để nói nó sai và không dùng được. Có thể ngày nay người ta dùng các phương pháp khác để phân tích DNA và đúng là có thể tôi chưa cập nhật những phưong pháp đó nhưng nó vẫn hoàn toàn đúng trong rất nhiều các nghiên cứu so sánh về mức độ tương đồng của các khu hệ sinh vật hay việc đánh giá ảnh hưởng của chất độc đối với một khu hệ sinh vật, ... nó còn có rất nhiều ứng dụng khác mà người ta đang nghĩ ra để áp dụng. Còn nữa bạn không thấy là phần nguyên lý đơn giản của nó đã được trình bày khá chi tiết rồi sao? Bạn cũng chắc chắn là bạn đã nắm rõ các thuật toán đó chứ, và cứ cho là bạn đã hiểu được nó và biết nó từ lâu thì con nhiều người khác quan tâm nữa chứ. Bạn nghĩ người ta chỉ có thể dùng nó cho phân tích DNA thôi hay sao? Và chẳng nhẽ nếu bạn không dùng đến thì không aid được động đến nó nữa? Không phải tôi đã viết rất rõ ràng rằng nó được áp dụng rất đa dạng và khá thành công a? Thậm chí ngay kể các sử dụng cho phân loại hình thái, đối với một số nhóm loài gần nhau như các dưới loài của ong, nhiều công trình bên Công ty ong đã dùng phương pháp này và rất thành công trong việc phân chia chủng quần đấy, tôi băn khoăn không biết sau khi đưa ra dẫn chứng này bạn có hỏi lại tôi đó la những nghiên cứu gì, vào năm bao nhiêu và của ai không nữa, nhưng nếu bạn không biết tôi cung sẽ có thể chỉ cho ban, đó vẫn là phong cách của bạn mà.
Nếu bạn cầu toàn một bài viết trọn vẹn thì sao trong các phần bổ sung của bạn bạn không nêu rõ các thuật toán hoặc các cách mà người ta dùng đẻ tính toán ở dạng tổng quát thay vì câu chạy chương trình này hoặc chương trình nọ để ra kết quả. Bạn không biết chính xác nó hay bạn cảm thấy nếu cho nó vào thì bài viết quá dài, mà nếu không hoàn thiện như vậy thì bạn post tra lời làm gì, đó đâu phải là một bài hoàn thiện. Mà theo bạn làm thế nào để đạt tới sự hoàn thiện đó? Bạn sẽ không làm những thí nghiệm nếu không biết chắc rằng mình sẽ không thành công a? Bạn có phải là một nhà thực nghiệm không đấy?
Việc bạn từ chối một phương pháp nghiên cứu đơn giản và hiệu quả vẫn được ứng dụng trong nhiều trường hợp khác ngoài phân tích DNA là một điều hết sức kỳ quái. Và tôi thật không hiểu phải nói sao nữa. Nếu thật sự viết đến thế này mà bạn vẫn không hiểu được thì tôi cũng chỉ còn nước im lặng. Với tôi thì cũng không để bụng lần này. Cũng như nhiều lần trước, tôi vẫn sẽ viết những gì tôi cảm thấy hứng thú hay thấy tâm huyết. Lúc đó tôi lại mời bạn đửng ra sửa lỗi, tất nhiên nếu bạn vẫn "nhiệt tình" như vậy, tôi rẫt sẵn lòng lằng nghe, chỉ đừng hỏi lại tôi là được mà thôi vì tôi đâu có giỏi và am hiểu như bạn, và tât nhiên một kẻ có kiến thức kém cỏi như tôi thì luôn luôn không từ chối bất cứ một sự chỉ bảo nào. Tôi xin nhắc lại, hãy chỉ cho tôi những điều tôi không hiểu, nếu bạn thiện chí, đừng hỏi lại tôi những điều mà bạn cũng biết. Tôi thật sự không thể hiểu nổi bạn làm thế để làm gì.
Được Odonata sửa chữa / chuyển vào 03:50 ngày 26/07/2004

Đây là bài viết cuối cùng của tôi về topic này, còn sau đó tôi sẽ stop không trả lời nữa.
Xin vui lòng đọc lại bài của tôi rồi hãy phản biện.
01- Tôi chuyên về dùng DNA để phân loại; nhưng trong bài viết của tôi, tôi không có 1 dòng nào phản bác chuyện dùng các pp phân loại cổ điển khác. Tôi lại học về di truyền, nên tôi chỉ nói chuyện di truyền, tuyệt đối không đề cập đến sinh thái hay ngành nào khác. Xin vui lòng đọc kỹ bài viết của tôi như tôi đã từng đọc bài viết của ông bạn.
02- Tôi không nói pp khoảng cách là sai, mà tôi chỉ nói là nó xa xa xưa cũng như những lời kết luận vội vàng của ông bạn. Nếu đọc kỹ bài của tôi sẽ thấy tôi có nói rằng bản thân tôi cũng đang dùng pp Neighbor-Joining Method (một trong những pp distance method) để tìm 1 cây cladogram cơ bản trước khi vận dụng pp MP vì NJ cho kết quả nhanh.
Còn về thuật toán á, tôi đang mỉm cười đây, nên trả lời thế nào nhỉ. À, ông bạn chịu khó đọc lại đoạn tóm tắt tôi nói rõ sự khác biệt giữa pp khoảng cách và pp đặc tính trạng thái nhé. Đọc nó xong chắc ông bạn sẽ biết tôi có hay không có nắm thuật toán. Còn để viết chi tiết à: tôi chỉ viết khi thấy đó là 1 nhu cầu bức bách trong tương lai nào đó, còn bây giờ thì không.
03- Tôi chưa bao giờ tự nhận mình giỏi và biết hết mà chỉ dám nói 1 điều tôi ít viết vì ít thời gian và khi tôi viết tôi phải tra nhiều sách vở tham khảo. Chứ tôi không thích kiểu tuỳ hứng mà viết. Viết tào lao thì được, còn viết để phổ biến kiến thức thì rất tai hại, thà không biết còn hơn biết bậy.
04- Việc tôi đặt câu hỏi thì như tôi đã nói là để người viết có dịp kiểm chứng về những gì mình nói. Thầy bạn hẳn nhiều lúc cũng cho bạn hàng trăm câu hỏi như thế, hẳn nhiên là bạn biết lý do tại sao ông ta làm thế. Tôi cũng bắt chước ông ta, hỏi để mà hỏi, dĩ nhiên tôi không là thầy bạn.
05- Ông bạn không cần đưa ta hàng tá câu hỏi kiểu như vậy đâu. Vì ngay từ đâu tôi đã nói rồi, tôi chẳng biết gì cả. Ngạn ngữ có câu Con người ngu hơn con gà vì anh ta không đẻ ra quả trứng được, nhưng anh ta hơn con gà ở điểm anh ta biết phân biệt quả trứng nào tốt hay xấu và hơn vậy nữa anh ta còn biết chế biết món trứng ốp-la rất ngon.
Với 1 PP nào đó, VN hồ hởi phấn khởi áp dụng như 1 bước đột phá thì có thể trên thế giới người ta làm từ đời tám hoánh nào rồi và có khi lỗi thời từ xa xưa.
Chuyện Vn hay ở đâu đó vận dụng pp khoảng cách lại là chuyện khác, ông bạn cố tình làm to chuyện khi lôi cái vụ công ty ông mật vớ vẩn nào đó vào đây. Ông bạn đọc lại những gì mình viết. Theo đó đầu tiên ông bạn về pp khoảng cách vì có ai đó đang nói về DNA, và ông bạn làm 1 lèo rồi đưa 1 câu kết luận về pp khoảng cách và DNA phân loại. Đây là điểm chính yếu mà tôi phản biện. Và lưu ý tôi phản biện cũng chỉ tập trung vào điểm này, tuyệt đối chẳng đá động chê bai trường phái cổ điển, hình thái, sinh lý gì ráo trọi. Tôi cũng không hiểu hoặc là ông bạn quá nhạy cảm chuyện cổ điển-hiện đại hay là ông bạn không đọc kỹ bài viết của tôi như tôi đọc kỹ bài viết của ông????
Nói tóm lại, tôi sẽ không đeo đuổi topic này nữa vì:
- ông bạn viết về pp khoảng cách, phân loại và ứng dụng DNA database. Tôi trả lời cho là mơ hồ và không đúng khi nói trên chính cái ngành phân loại bằng DNA.
- ông bạn giãy nãy lên bảo là phân loại hình thái vẫn còn có giá trị và pp khoảng cách vẫn còn áp dụng mạnh mẽ trong sinh thái, độc chất học và thiên nạ đang xúm vô tìm thêm ứng dụng mới và lôi công ty ong mật ra làm chứng. Rồi gào to lên là tại sao có khối kẻ chê bai những người theo trường phái phân loại cổ điển như ông bạn.
Thế này thì không ổn rồi ông bạn à.

tôi thấy không khí trong box CNSH căng thẳng quá. Chán.