Software for Biological lab-works

Những bạn nào học về Sinh học phân tử chắc có biết bộ phần mềm theo tác trên gene nổi tiếng hấp dẫn Vector NTI của Informax; giá bán khoảng 4000USD. Vừa rồi tôi đã tìm được bản crack của nó. Sách thì tôi không share theo kiểu chép CD chuyền tay, nhưng bộ Vector NTI 8 này thì tôi sẽ làm các này:

01- dung lượng nhỏ: khoảng 150 MB bao gồm các tài liệu hướng dẫn đính kèm.

02- chỉ những ai thực sự làm việc trên gene, vetor ... mới cần đến nó, và khi đã biết xài thì sướng vô cùng.

vậy các bạn ở HN và SG nếu cần, tôi sẽ chép tặng các bạn.

Riêng Klump, bạn xem lại freehu được không? tại sao vô không được? Nếu freehu hoạt động được thì chúng ta sẽ chia xẻ tài nguyên theo kiểu này. Ok.



Concay

Xin chào!

Đây có lẽ là món quà thực sự hấp dẫn đối với các thành viên CNSH (ngành sinh học phân tử) nhưng sao thấy các bạn thờ ơ vậy. Riêng tớ thì không thấy cần thiết nhưng mình biết có một anh rất nghiện ngập cái này và sẽ lôi anh ý vào. Hy vọng sẽ thật sự hữu ích cho cậu ấy!

Nguyễn Thanh Hải

Chào Con Cầy, tôi xin hỏi phần mềm ông nói đến ở trên là dùng để phân biệt mức độ khác nhau giữa hai kết quả phân tích gene phải không? Hiện nay tôi rất cần phần mềm làm phân loại sử dụng phương pháp số học, không hiểu cái mà ông đề cập đến ở trên có đúng là loại đó không? Nếu đúng, tôi rất muốn ông share cho một bản.
Hiện nay tôi rất cần, nếu có thể mong ông trả lời sớm cho.
Odonata

Đọc lại bài viết của ông, thấy có đoạn khẳng định những ai thật sự làm thao tác trên gene hay vector gì đó mới cần.
Trong việc đánh giá và so sánh giữa các khu hệ sinh vật trên thực địa, người ta vẫn hay dùng phương pháp toán học để so sánh sự khác nhau giữa chúng, tôi không hiểu phần mềm mà ông nói đến có thể dùng trong việc này không. Nó gần giống với việc người ta phân tách các nhóm loài bằng phương pháp sinh học phân tử, phân tách sự khác biệt về DNA giữa các nhóm sinh vật (hình như ông dùng nó để nghiên cứu bộ gene và mức độ gần gũi giữa các loài tảo gì đó phải không? Tôi rất cần một phần mềm tương tự như vậy!). Nếu ông có hoặc biết phần mềm nào như vậy thì chia sẻ cho tôi với.
Odonata

phần mềm Vector NTI phiên bản trước đây chỉ dùng để thao tác trên gene, ví dụ thiết kế mồi, chạy PCR, lai phân tử, cắt ghép nối1 đoạn gen vào vector, dùng enzyme cắt giới hạn để xem kích thước các mảnh rồi chạy trên gel để xem các vạch ... nói chung là làm những gì liên quan đến gene từ A đến Z, công việc này nếu trước đây phải rị mọ làm bằng tay phỏng đoán kết quả quả thì với phần mềm này chúng ta tiết kiệm khá nhiều thời gian. Nói nôm na là công việc phòng thí nghiệm phải chạy mô phỏng trước, dự đoán mọi tình huống rồi mới làm thực tế.
Còn về phần mềm mà ông Odonata đề nghị trong việc so sánh phân loại quan hệ tiến hóa giữa loài với lòai thì nó lại có 1 bộ software riêng:
- lấy trình tự của 1 loài hay nhiều loài; trình tự này đã có thể có sẵn trên ngân hàng NCBI hay EBML. Trình tự náy có thể do chính chúng ta giải trình.
-sau đó sắp xếp các gene để tìm các vùng bảo tồn đồng nhất, gọi là aligment. Ở bước này, ông ODONATA có thể dùng phần mềm SEAVIEW để làm, ông vô google gõ chữ seaview sẽ thấy kết quả. Lab tôi dùng hệ điều hành Mac thì vô tư, nhưng không biết SeaView có chạy trên Window hay không. Dĩ nhiên phần mềm mày cho free. Làm việc với seaview rất dễ nhưng phải "dắt tay chỉ việc" chứ khó diễn tả bằng lời.
- Sau khi đã sắp xếp các gene xong, chọn vùng bảo tồn ưng ý, chuyển chúng qua phần mềm chuyên dụng gọi là PAUP* 4.0; phần mềm này tiến hành phân tích phylogeny; theo nhiều mức độ yêu cầu, theo mô hình tiến hóa mà mình chọn kết quả cho ra là các phylogenetic tree với một mớ thông số đi kèm. Phần mềm này không có free giá bán khoảng 100-200 USD thì phải; nhưng do ít người dùng nên không ai thèm crack nó. Sách đọc để làm phần mềm này tôi cũng có. Nhưng trước đó phải đọc qua mấy cuốn về Molecular Evolution mới hiểu các kiến thức nền.
Tôi vừa đọc lướt qua phiên bản mới Vector NTI 8 thì hình như nó đã tăng thêm tính năng phân tích phylogeny này, tôi sẽ kiểm tra lại xem sau, ông chờ giùm vài ngày, vì dạo này tui đang bận túi bụi.
Nếu ông làm về molecualr systematics hay molecular evolution thì có nhiều điểm để tôi và ông ... cãi nhau. Ông còn nhờ trước đây ông từng đề xuất 1 cái gọi là thông số đo đạc khoảng cách giữa loài này với loài kia không. Thì phylogeny chính là câu trả lời cho cái vụ thông số đó đó.
Concay